纵观深港科创合作的发展历程，可以分为如下几个阶段。
早期，由于深港经济发展水平差距悬殊，两地合作以“前店后厂”、“三来一 补”的加工贸易方式进行，呈现出“香港输出、深圳吸收”的单向技术转移关系。 该阶段深港科技合作主要采用技术引进、成果转让、合作发展、委托开发等方式， 合作主体以民间自发为主，合作层次也较低2。即使如此，早期的深港合作为深圳 工业发展和科技发育奠定重要基础：来自香港的资金、技术、设备、市场经验等 要素为深圳产业起到重要孵化作用，因此该合作阶段可视为深圳科技发展的起点。
90 年代初至 2004 年的近十年间，深圳工业体系逐步完善，同时来自港澳台 以外的外商直接投资也给深圳带来了西方先进技术和人才，促进了深圳计算机、基因工程等高技术产业的发展。与此同时，深圳政府层面也提出了发展高新技术 产业和实现产业转型升级的战略。香港方面，制造业外迁后的经济结构高度金融 化和地产化，在亚洲金融风暴冲击下暴露出了产业“空心化”的弊端。随后，香 港政府提出“科技兴港”战略，计划建设“数码港”、“中药港”等项目，也表达 了与深圳开展高层次科技合作的意图。虽然此阶段深港存在双向互补合作需求， 但是由于两地法律制度差异、政府协调机制缺乏以及香港回归前后的诸多复杂因 素，深港科技合作未能顺利推进，除 1999 年设立的深圳虚拟大学园、深港产学研 基地等少数项目外，多方面的科技合作基本处于搁浅和停滞状态。
2004年6月深港签订《关于加强深港合作的备忘录》八项合作协议（即“1+8” 协议），标志着两地官方层面的双向科创合作正式开启。2007 年 5 月《“深港创新 圈”合作协议》正式签署后，两地联合开展若干科技合作，联合发布了《深港创 新圈三年行动计划（2009-2011 年）》，设立“深港创新圈专项资助计划”支持香 港高校与深圳企业的产学研合作，同时打造若干创新基地、服务平台等重大项目。 该时期深港科创合作以官方引导为主，呈现出“前研后产”互补合作特征。一方 面，香港回归后，特区政府比港英政府更加积极主动地寻求深港合作。另一方面， 该时期在深圳高新技术产业迅猛发展背景下，深港经济差距快速缩小，两地逐渐 具备平等合作的资源和基础，因此合作模式也由过去的单向技术转移转变为深港 依托各自优势开展双向互补性合作的形式。香港高校所具备的雄厚基础科研实力 与深圳在高端制造业方面的优势有机结合，促进了香港科研成果在深圳的市场化 转化，民间亦涌现出诸如大疆创新、奥比中光等高科技企业。2010 年，“前海深 港现代服务业合作区”（下文简称“前海合作区”）成立，两地进一步在金融创新、 信息服务、科技服务等领域开展深度合作，前海深港创新中心、前海深港青年梦 工厂等载体的设立也为支持港澳青年来深创新创业提供了一系列支持。
自 2017 年开始，深港科创合作步入融合发展期，该阶段的“融合”有两层内 涵：一方面是深港之间融合，2017 年深港提出在落马洲河套地区共建“河套深港 科技创新合作区”（下文简称“河套合作区”），2021 年 9 月前海扩区方案发布，2021 年 10 月香港提出建设北部都会区、与深圳形成“双城三圈”格局等。两地 科创资源要素进一步集聚、融合和互联畅通，形成共享、开放的跨境创新生态系 统。另一方面是深港共同融入粤港澳大湾区的创新系统，2018 年粤港澳大湾区建 设领导小组全体会议指出建设“广州—深圳—香港—澳门”科技创新走廊，2019 年《粤港澳大湾区发展规划纲要》进一步提出将“香港—深圳”联合作为湾区带 动极点的创新合作布局，2021 年香港提出在北部都会区重点发展创新科技产业， 支撑粤港澳大湾区建设国际科技创新中心等。深港嵌入粤港澳区域创新生态系统， 将有利于联动湾区腹地资源，发挥要素集聚的规模效应，促进知识和技术溢出， 引领区域科技突破和创新高地建设。
