流程挖掘行业发展面临多方面挑战。
首先是企业对流程挖掘技术的认知水平仍然偏低。虽然流程挖掘技术在国外已经得到广泛应用，但大部分国内企业对流程挖掘技术的认识仍然较浅，往往期望看到同业成功实践经验，造成自上而下建设推动存在一定困难。按照行业看，电子商务、银行、保险等流程应用较为丰富的行业，流程挖掘技术已经得到了较广泛的认可，但在其他领域，流程挖掘的概念和重要性还需要深入普及。
其次是如何定量衡量流程挖掘建设取得的成效和价值。数字化转型企业应用流程挖掘技术后，通常会带来一些改变，例如流程效率的提高、客户满意度的增加等。但是这些改变往往不易量化，使得流程挖掘建设的价值难以准确测量。流程优化是长期过程，其效果可能无法在短期内体现出来，很难通过量化的模型来评估流程挖掘技术带来的收益，这也让企业在引入流程挖掘时有所顾忌。
三是流程挖掘技术对于企业IT治理能力具有较高的要求。流程挖掘需要大量的数据才能有效运作，大型企业多种业务系统交织，系统开放度和复杂度给流程数据提取整合造成困难，例如可能存在数据缺失、错误、重复等情况，从而影响流程挖掘结果的准确性。此外，使用流程挖掘还可能会涉及敏感数据，包括个人数据、经营信息、客户信息等。因此，应用流程挖掘技术需要建立良好的IT基础架构和数据管理体系，对企业IT治理能力提出了更高要求。
四是企业对如何正确使用流程挖掘尚不明晰。数字化转型企业需要明确使用流程挖掘解决的问题以及期望的目标，这可以帮助确定流程挖掘的范围和方向。确定业务目标后，还需要选择适当的流程挖掘工具，制定合理的流程挖掘方案，包括数据源、流程挖掘方法、结果分析方式等。流程挖掘结果只有在转化为实际行动时才能发挥价值，因此应根据流程挖掘结果制定相应的流程优化解决方案，并将其转化为实际行动。
一是产业化起步晚，产品成熟度较低。相比于国外十余年的行业经验积累，我国流程挖掘产业化起步较晚，因此产品的完整度和成熟度与国际先进企业相比还存在一定差距。例如，与用户业务系统的数据对接能力方面，Celonis可以从SAP、Salesforce、Oracle等多种系统创建的日志数据中自动分析和梳理出企业的业务流程。但由于国内大中型企业的信息化发展进程普遍较快，其不同业务系统往往建设于不同年代，采购自不同服务商，系统之间割裂比较严重，对流程挖掘产品的数据获取能力提出了更高要求。
二是产品同质化严重，适应不同类型企业的产品研发亟待加强。当前，越来越多的大型企业致力于建设统一流程服务中心，以改善当前业务系统较为分散的现状。但中小企业则不具备建设大型流程管理系统的资金投入能力，更青睐于应用“小快轻准”的数字化服务产品和解决方案。因此，面向不同行业、不同规模企业因地制宜调整流程挖掘工具的形态，总结归纳形成可复制、可推广的模式和路径，将成为流程挖掘服务商拓展国内市场的关键之一。
三是缺失规范化标准，产品能力难以衡量。流程挖掘行业处于发展初期，越来越多的数字化服务商纷纷加入赛道，导致市场上产品能力参差不齐。部分企业虽然有意采用流程挖掘工具，但对其功能、性能水平缺乏可信的评价依据，为流程挖掘产品的应用推广造成了阻碍。此时，构建规范化的评价体系对流程挖掘工具能力进行评价，不仅有助于数字化转型企业根据自身需求选择更加适合的产品和工具，也有助于敦促数字化服务商不断提升其产品丰富度、功能完备性和服务质量，推动行业健康有序发展。
一是数据提取耗时、数据质量不高。由于企业业务系统的特异性，已有的流程挖掘平台缺乏高效的面向多源数据的提取模块，一般数据提取的时间能占到流程挖掘项目实施的60-80%。同时，日志数据质量难以保证，存在噪声属性值缺失、轨迹不完整、日志关联信息缺失等问题，对流程挖掘结果产生较大干扰，亟需通过噪声过滤和分析等手段加以改进。
二是流程模型挖掘能力有限。目前流程建模大多仍关注有向图模型的挖掘，该类模型表达能力有限，本质上仅仅是日志的一种可视化呈现。为了提高模型挖掘的准确性，需要更加灵活地运用各类流程挖掘算法，并生成BPMN流程模型，提升流程挖掘的应用价值。此外，现有流程挖掘工具大都是处理离线的业务流程数据，对于增量数据的实时（准实时）挖掘能力比较有限。
三是流程分析准确性和效率不高。在流程可视化呈现的基础上对业务流程指标进行多维度校验和分析，是流程挖掘的重要作用之一。但目前流程挖掘工具仅支持比较简单的指标和根因分析，并且在合规性检查方面，在处理大规模参考模型情况下的差异分析等方面执行效率较低，大都只是以报告的形式进行呈现，仍需要专业人员介入并制定流程优化的解决方案。
四是流程挖掘工具的开放应用程度有限。当前，流程挖掘工具主要以独立的解决方案体现在产品中。在企业内部业务系统繁多的背景下，流程挖掘平台的建设反而进一步增大了系统割裂程度，这无疑限制了流程挖掘的商业应用。未来，通过定制化开发或中间件等方式实现流程挖掘与企业已有平台的深度集成，并在此基础上实现个性化开发和拓展，将进一步拓宽流程挖掘技术的应用范围。
